C'est le Prince régent Dom Joao VI du Portugal, fuyant les troupes napoléoniennes, qui avait voulu la création de ce Jardin Botanique en arrivant à Rio pour y recevoir les variétés d'épices venues des Indes Orientales. Il avait fondé également une fabrique de poudre toujours présente dans une enclave du Jardin Botanique et que l'on peut visiter.

A l'occasion de son bicentenaire, toutes les bâtisses, pour la plupart endommagées par les termites, ont été restaurées ainsi que les serres des plantes carnivores, celles des orchidées, des broméliacées et des cactus, qui ont été rénovées.

Les jardins thématiques comme celui des rosiers, des plantes médicinales, sensoriel (pour les non-voyants) et japonais ont été également restaurés et deux autres créés: le Biblique avec des spécimens de plantes associées aux traditions judéo-chrétiennes et celui des colibris qui réunit des fleurs dont les oiseaux-mouches absorbent le nectar.

Il est possible aujourd'hui de consulter sur internet la collection de l'Herbier du Jardin Botanique avec ses 260.000 plantes séchées, ses 6.100 fruits et 6.422 échantillons de bois notamment.

Pour le jour de l'anniversaire un concert d'instruments à cordes sera donné en présence des ministres de l'Environnement Marina Silva et de la Culture Gilberto Gil notamment. Les archets des instruments seront en "bois de braise", un bois qui, séché et pulvérisé, donne une matière tinctoriale rouge et qui a donné son nom au Brésil.