Dans une lettre au Premier ministre Dominique de Villepin, rendue publique par les services du maire, Bertrand Delanoë demande que "l'Etat accepte de revoir sa position". En janvier 2005, le Premier ministre d'alors Jean-Pierre Raffarin avait retenu le site de Tolbiac, dans le même arrondissement, pour construire le nouveau TGI, à l'étroit dans ses locaux de l'île de la Cité. Selon le maire de Paris, ce site "pose de réelles difficultés sur le plan urbain", conduisant notamment à "réduire la surface d'espaces verts prévue dans le schéma retenu en 2004" pour ce quartier, et à "densifier l'aménagement".

Bertrand Delanoë affirme sa préférence pour "le site de Masséna Bruneseau en bord de Seine", qui présente, selon lui, "bien des attraits". Il met notamment en avant "une desserte de qualité par les transports en commun". "Ce site peut accueillir sans difficulté majeure un ensemble d'au moins 110.000 m2", dit-il en rappelant l'ouverture prochaine des "premiers bâtiments universitaires" du quartier Masséna. Le maire de la capitale se dit "tout disposé à poursuivre les négociations" et précise avoir "plusieurs fois indiqué au Préfet" la disponibilité du site de Masséna.

Le 31 mars, le président du TGI Jean-Claude Magendie avait affirmé à propos de ce projet de déménagement qu'"il ne se passait plus rien". Evoquant l'hypothèse du site de Masséna, il avait jugé "scandaleux qu'un maire puisse imaginer nous envoyer sur le périphérique". Le projet de M. Raffarin prévoit que seules la cour d'appel et la Cour de Cassation resteraient dans l'ancien palais royal de l'île de la Cité, tandis que le nouveau TGI serait inauguré à l'horizon 2011.