Composée pour un tiers d'élus, un tiers de représentants des ministères concernés, et un tiers de personnalités qualifiées, la commission devra choisir quelque 300 projets, en deux sessions. Le label Pôle d'excellence rurale est attribué à un projet de développement économique situé sur un territoire rural fondé sur un partenariat entre des collectivités locales et des entreprises privées. Il est doté d'une subvention de 33% dans une limite de 1 million d'euros. La première vague de l'appel à projets "pôles d'excellence rurale" lancé le 15 décembre 2005 a été close le 1er mars. 470 porteurs de projets ont fait acte de candidature.

Les projets relatifs au tourisme et au patrimoine sont les plus nombreux avec 41% des dossiers. Les dossiers reçus concernent ensuite : les bio-ressources (22% des dossiers), l'accueil et les services (19%) et technologies (18%).